本次年度检查分为学校自查和检查组逐校实地检查两个阶段。省教育厅从民办高校、独立学院和省属非学历高等教育机构中遴选教学、学生、财务、科研等业务骨干组成5个检查组，对受检学校2015年办学条件、教学任务、校园建设、财务资产负债和法人财产权落实情况、安全稳定工作等进行检查。其中民办高校、独立学院重点检查的是各校师资队伍建设和2014年年检反馈意见的整改落实情况。省属民办非学历高等教育机构的检查重点为学校创新发展、规范办学和财务管理等情况。检查组通过听取学校负责人汇报、查阅档案资料、实地查验办学设施、组织教师学生座谈会等形式开展年检工作，对每校的年检情况进行评议，形成年检评价意见。